エネルギー省管轄の組織
・エネルギー省 情報（防諜）部 （Office of Intelligence and Counterintelligence、略称：OICI）
核兵器の製造と管理、原子力技術の開発やエネルギーの安定確保、並びにこれらに関連した先端技術に関する情報の収集と分析、及び防諜工作を担当する部署。
※国家原子力保安（保障）庁（NNSA）に関しては後述の法執行機関の項を参照のこと。
国土安全保障省管轄の組織
・国土安全保障調査部（Homeland Security Investigations、略称：HSI）
国土安全保障省に所属する移民税関管理（執行）局（U.S. Immigration and Customs Enforcement、略称：ICE）内の情報部門で、情報調査活動を担当する部署以外にも災害対策の緊急対応組織なども所属している。
・ 国土安全保障省 情報分析部 （Office of Intelligence & Analysis、略称：I&A）
・沿岸警備隊 情報部 （Coast Guard Intelligence、略称：CGI）
※国土安全保障省には、上記の他にも多くの情報部局がある。
国務省管轄の組織
・情報調査局 （Bureau of Intelligence and Research、略称：INR）
アメリカ合衆国国務省に所属する歴史ある（1945年～）情報・分析機関。
財務省管轄の組織
・テロ/金融情報局 （Office of Terrorism and Financial Intelligence、略称：TFI）
上記のTFIの内部に情報分析部（Office of Intelligence and Analysis、略称：TFI I&A）がある。
司法省管轄の組織
・FBI 国家保安部 （National Security Branch、略称：NSB）
9.11同時多発テロを契機として、FBI公安部を発展した形で設立された公安部局。アメリカ国外を所管するCIAに対してアメリカ国内の対テロやカウンターインテリジェンスを担当。
・ 国家安全保障情報部 （ONSI）
上記以外にや麻薬取締局（DEA）も情報/諜報活動に従事している。
国家情報長官
尚、現在は国家情報長官（Director of National Intelligence、略称：DNI）という閣僚級の役職が置かれ、アメリカ合衆国 連邦政府の16の情報機関の人事や予算を統括する権限を持ち、各情報機関の集合体（インテリジェンス・コミュニティー）の指揮、管理の任に就いている。但し、その各情報機関への指揮権の有無は非公開であり、国防総省の戦略支援局（国防長官直轄）などのように国家情報長官の管轄下にない組織も存在するようである。
この国家情報長官には、国家情報長官室 （Office of The Director of National Intelligence、ODNI）と呼ばれる組織が附属しているが、その役割の詳細はこちらから確認願いたい。また国家情報長官はアメリカ合衆国大統領の情報顧問として各種の情報を統合して報告し、国家安全保障会議に対する助言なども実施するが、アメリカの情報/諜報機関・組織は極めて縄張り意識が強く、実際に国家情報長官がどの程度、各組織をまとめているのかは疑問視もされている。
ちなみに、2005年にメアリー・マーガレット・グラハム国家情報副長官がテキサス州サン・アントニオの会合で、誤って国家情報長官が統括している情報/諜報機関の予算合計を公表してしまったが、何とそれは合わせて年間約440億ドルにものぼる巨額なものであった…。
尚、国家情報長官の直接の指揮下に置かれた組織としては、国家テロ対策センター（National Counterterrorism Center、略称：NCTC）があるが、この組織は国防総省や国土安全保障省の職員、FBIの対テロ局とCIAの対テロ・センターの職員などで構成されている。
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